Metodologia de criação

Ja sou consideravelmente avançado na visão geral em criação web.

Mas falho muito na questão de metodologia.

Ja estamos (eu e meu amigo) começando a versionar os sites.

Mas a questão é que não temos organização após fechar contrato com o cliente, nem na organização de tempo.

Alguém ai tem ideia como as grandes/médias agências trabalham?

Obrigado