Include de classe nas páginas.

Tenho um arquivo index.php que junta header, pagina, e o footer, porém tenho umas funções que me auxiliam na produção destas páginas, eu queria dar o include das funções no index e depois apenas chamá-las nas paginas porém ele não ta reconhecendo, talvez seja por causa do que ambas tao sendo incluídas por include mas nenhuma tem o conteudo da outra.

Meu index está assim:

session_start();
include "config.php"; // Arquivo com configurações dos bancos de dados
include "funcoes.php"; // Arquivo com funções, ele precisa do config.php também

$pagina = $_GET["pag"].".php"; // Pega a pagina

// Junta as páginas

include "paginas/header.php";
include "paginas/".$pagina;
include "paginas/footer.php";

Será que alguém poderia me ajudar pois a funções não lê as configs e as páginas não lêem as funções, porém as paginas leêm as config.