Reordenar itens para exibição

Boa tarde,

Estou desenvolvendo um sistema de busca onde terão anúncios pagos (terá período inicial e final cadastrado) e anúncios grátis. Os pagos terão destaques. Tenho duas tabelas, empresas e publicidades. Na tabela publicidades, gravo o id da empresa junto com os dados da publicidade.

Estou exibindo os itens certinho, onde tem publicidade dou todo destaque necessário, só que não estou conseguindo reordenar a exibição. Como faço para colocar as empresas com anúncio no topo da pesquisa?

$query_inicial = "SELECT `empresas`.`id`, `empresas`.`fantasia`, `empresas`.`endereco`, `empresas`.`complemento`, `empresas`.`bairro`, `empresas`.`cep`, `cidades`.`uf`, `cidades`.`nome`, `empresas`.`telefone_1`, `empresas`.`telefone_2`, `empresas`.`telefone_3`, `empresas`.`site`, `empresas`.`facebook` FROM `empresas` INNER JOIN `cidades` ON `empresas`.`cidade` = `cidades`.`id`";
$query = $query_inicial . $condicao . $titulo . $ramo . $estado . $cidade;
$sql = $query . " ORDER BY `empresas`.`fantasia` LIMIT " . $inicio . "," . $quantidade;
$qr = mysqli_query($conn, $sql) or die(mysqli_error($conn));

echo '<ul id="lista_resultado">';

if (mysqli_num_rows($qr) > 0) {

 $id_item = '';
 $id = '';
 $ids = '';
 $fantasia = '';
 $endereco = '';
 $complemento = '';
 $bairro = '';
 $cep = '';
 $cidade_uf = '';
 $telefone_1 = '';
 $telefone_2 = '';
 $telefone_3 = '';
 $site = '';
 $facebook = '';

 while ($rs = mysqli_fetch_assoc($qr)) {
 $id_item .= $rs['id'] . ',';
 $id[$rs['id']] = array(
 $ids = $rs['id'] . ',',
 $fantasia = $rs['fantasia'],
 $endereco = $rs['endereco'],
 $complemento = (!empty($rs['complemento'])) ? ', ' . $rs['complemento'] : '',
 $bairro = $rs['bairro'],
 $cidade_uf = $rs['nome'] . ' - ' . $rs['uf'],
 $cep = $rs['cep'],
 $telefone_1 = $rs['telefone_1'],
 $telefone_2 = (!empty($rs['telefone_2'])) ? ' / ' . $rs['telefone_2'] : '',
 $telefone_3 = (!empty($rs['telefone_3'])) ? ' / ' . $rs['telefone_3'] : '',
 $site = $rs['site'],
 $facebook = $rs['facebook']
 );
 }

 $sql_anuncio = "SELECT `id_empresa`, `imagem_pesquisa` FROM `publicidades` WHERE `id_empresa` IN (" . trim($id_item, ',') . ") AND `data_inicial` >= CURDATE() AND CURDATE() <=`data_final`";
 $qr_anuncio = mysqli_query($conn, $sql_anuncio) or die(mysqli_error($conn));

 $id_publicidade = [];
 $id_empresa = '';
 $imagem = '';

 while ($rs_anuncio = mysqli_fetch_assoc($qr_anuncio)) {
 $id_publicidade[$rs_anuncio['id_empresa']] = array(
 $id_empresa = $rs_anuncio['id_empresa'],
 $imagem = $rs_anuncio['imagem_pesquisa']
 );
 }

 foreach ( $id as $array => $dados ) {

 $classe = '';
 foreach ( $id_publicidade as $array_publicidade => $dados_publicidade ) {
 $classe = ( trim($dados[0], ',') === $dados_publicidade[0] ) ? 'class="anuncio"' : 'class="convencional"' ;
 $imagem = ( trim($dados[0], ',') === $dados_publicidade[0] ) ? '<img class="logo" src="' . URL . 'uploads/' . $dados_publicidade[1] . '" alt="' . $dados[1] . '" />' : '' ;
 }

 $cep = $dados[6];
 $p1 = substr($cep, 0, 2);
 $p2 = substr($cep, 2, 3);
 $p3 = substr($cep, 5, 3);
 $cep = $p1 . '.' . $p2 . '-' . $p3;

 echo '
 <li ' . $classe . '>
 ' . $imagem . '
 <h2>' . $dados[1] . '</h2>
 <p>' . $dados[2] . $dados[3] . ', ' . $dados[4] . ', ' . $dados[5] . '. CEP ' . $cep . '</p>
 <p class="url">
 <img src="' . URL . 'img/telefone.png" alt="Site da ' . $dados[1] . '" />
 ' . $dados[7] . $dados[8] . $dados[8] . '
 </p>';
 if (!empty($dados[10])) {
 echo '
 <p class="url">
 <img src="' . URL . 'img/site.png" alt="Site da ' . $dados[1] . '" />
 <a href="' . $dados[10] . '" target="_blank" title="' . $dados[1] . '">' . $dados[10] . '</a>
 </p>
 ';
 }
 if (!empty($dados[11])) {
 echo '
 <p class="url">
 <img src="' . URL . 'img/facebook.png" alt="Page da ' . $dados[1] . '" />
 <a href="[https://www.facebook.com/'](https://www.facebook.com/) . $dados[11] . '" target="_blank" title="' . $dados[11] . '">[https://www.facebook.com/'](https://www.facebook.com/) . $dados[11] . '</a>
 </p>
 ';
 }
 echo '
 </li>
 ' . PHP_EOL;
 }

} else {

 echo '<li class="erro">Nenhum registro encontrado...</li>';
}
echo '</ul>';

Obrigado pela atenção.