MYSQL - PROCESSLIST + MYSQL Lento + limpeza em MYSQL

Boa tarde pessoas.

Temos um Sistema X que utiliza MYSQL 5.0, o sistema funciona em um servidor próprio que fica dentro da empresa, de uns tempos(tempão) pra ca o sistema começou aparecer uma certa lentidão, onde fiz uma pesquisa e alguns testes e observei que a lentidão vinha do B.D. Fiz alguns ajustes, como implementar mais INDEX`s pelos principais campos de busca do sistema, diminuir a quantidade de caracteres de campos VARCHAR e afins. Deu uma melhoradinha, mas ainda apresentava lentidão, então fiz uma busca mais profunda e cheguei no tal processlist onde me retornou um número que era perto de "1.960.000" onde achei um valor meio alto, isso tem algo a ver? Esse número é realmente alto?

Não entendi muito o que é esses processos, mas fui atras de info para elimina-los. Procurei alguns scripts pra eliminar esses processos, como KILL <nrprocesso>, mas não deu muito certo, o retorno foi:

"

Error code:1094

Unknown thread id 5691

"

E pelo numero essa thread existe sim.

Então gostaria de saber algumas opniões sobre o processlist, se ele pesa mesmo o serviço do MYSQL, e como de vez em quando fazer algum tipo de "limpeza" no mysql.

Ah, outra info, Parei o MYSQL e INICIEI novamente, o processeclist zerou.

Obrigado pela atenção

Aguardo,

ATT,