Problema com acesso a arquivos - PHP

Pessoal, estou com um problema sério de segurança e realmente não sei como resolver.

Tenho algumas pastas com orçamentos dos setores no mesmo servidor que roda o sistema de intranet que temos. Setei pasta por pasta o usuário do AD que deveria ter acesso. Só que acontece o seguinte, se o usuário for no executar e entrar na pasta geral (Orçamentos) se ele não tem permissão enxerga ela vazia, mas se ele for pela intranet, e clicar no link, ele consegue abrir o arquivo. No servidor setei a permissão para os Administradores locais, só assim o Wamp aceitou abrir os arquivos, mas ai liberou geral.

Alguém tem alguma idéia do que posso fazer? São 57 pastas....