alinhar li bootstrap

Oquê você quer ? não entendi...

Quer criar uma barra de navegação ? Caso positivo, horizontal ou vertical ? As listas serão dropdown ?

Um exemplo de barra horzontal com bootstrap:

<div class="container-fluid">

<!-- NEVAGAÇÃO -->
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 <span class="sr-only">Toggle navigation</span>
 <span class="icon-bar"></span>
 <span class="icon-bar"></span>
 <span class="icon-bar"></span>
 </button>
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 </div>

<!-- Top Menu Items -->

 <ul id="bar1" class="nav navbar-right navbar-nav collapse navbar-collapse navbar-ex1-collapse">
 <li class="dropdown">
 <a href="#menu-toggle" class="dropdown-toggle" id="menu-toggle" rel="tooltip" title="Alternar Menu"><i class="glyphicon glyphicon-transfer"></i></a>
 </li>

 <li class="dropdown">
 <a href="#" class="dropdown-toggle" data-toggle="dropdown" alt="Imprimir" onclick="window.print()" rel="tooltip" title="Impressão"><i class="glyphicon glyphicon-print"></i></a>
 </li>

 <li class="dropdown">
 <a href="#" class="dropdown-toggle" data-toggle="dropdown"><i class="glyphicon glyphicon-user"></i> 
 <?php echo ucwords(strtolower($_SESSION['funcionariosnome']));?>
 <b class="caret"></b></a>
 <ul class="dropdown-menu">
 <li> <a href="#myModal" Data-toggle="modal" data-target="#myModal"><i class="fa fa-fw fa-gear"></i> Alterar Senha</a> </li>
 <li class="divider"></li>
 <li> <a href="system/aplication/logout.php"><i class="fa fa-fw fa-power-off"></i> Sair</a> </li>
 </ul>
 </li>
 </ul>

Perae, deixa eu pegar minha bola de cristal..

Para alinhar li no bootstrap você precisa primeiro saber o motivo de querer alinhar, o que vai alinhar e aonde vai alinhar, usando o bootstrap;

Coloque mais detalhes no que você realmente quer dizer no seu post.

Não é uma questão de bola de cristal, ou de adivinhar. É uma questão de clareza!