Compilando o código

Bom dia pessoal, tenho uma duvida simples.

Sou um pouco novo nessa vida de programador e sempre me aparecem duvidas nesse caminho,

cuido de um sistema de uma empresa com mais ou menos 40 funcionarios, e tenho uma duvida na hora de compilar o sistema.

Seguinte, após compilar o sistema, gera um arquivo Exemplo.exe, e em cima desse arquivo foram criados atalhos e colocados em cada computador

de cada funcionario para que possam trabalhar, agora vem a duvida.

As vezes tenho que atualizar algo no sistema, e logo após compilo ele, e gero o arquivo Exemplo_NEW.exe, eu tenho que pedir para todos sairem do sistema para que eu renomeie ele para Exemplo.exe ou eu já posso fazer isso direto sem que ninguem tenha que sair do sistema ?

Já que como todos usam um atalho do Exemplo.exe, se eu apagar ele apenas para renomear o arquivo novo com o mesmo nome que o dele, da algum problema ?

Se eu não pedir para todos sairem do sistema e fizer o procedimento, eles apenas não vão ver o que atualizou no sistema até fizerem logoff, certo ? Mas tudo o que continuarem a fazer no sistema será salvo no banco de dados ?

Peço desculpa caso não fui claro ao explicar minha duvida, obrigado.