Erro na codificação ao incluir arquivos

É um consenso da comunidade PHP que os projetos devem ser escritos com codificação em UTF-8.

Outro consenso, é utilizar LF (line feed linux) ao invés de CRLF (Carrier return + line feed windows). Mas esse último não afeta a exibição do HTML.

Voltando ao tópico, você deve:

HTML 4.01:

<meta http-equiv="Content-Type" content="text/html; charset=utf-8" />

HTML 5 (a anterior também é válida, mas use a short, economiza caracteres):

<meta charset="utf-8" />

Os arquivos em PHP devem estar configurados em UTF-8 sem/without BOM (Byte Order Mark). De preferência para formato linux (LF).

Também deve verificar se o seu editor não converte a codificação ao abrir/salvar o arquivo. Muitos editores forçam essa conversão.

Conexões com banco de dados devem estar configuradas em UTF-8.

PHP < 5.3.6

$pdo = new PDO(
 'mysql:host=hostname;dbname=defaultDbName',
 'username',
 'password',
 array(PDO::MYSQL_ATTR_INIT_COMMAND => "SET NAMES utf8")
);

PHP >= 5.3.6

$pdo = new PDO(
 'mysql:host=hostname;dbname=defaultDbName;charset=utf8',
 'username',
 'password'
);

Se seguir essas configurações, não terá problemas com os seus projetos.

Então, realmente a onda é com o editor que estou usando (no caso o sublime). Quando eu migrei o projeto pro linux, eu abri os arquivos pelo nano e eles apresentavam os caracteres que citei, então corrigir (pelo nano mesmo) e foi resolvido. Depois de instalar o sublime os caracteres aparecem como interrogação quando eu abro no navegador, mas no editor de texto ele fica normal.

E agora? Eu imagino que no sublime ele vai continuar a exibir isso mais pra frente x.x