Separar Arquivos

Boa tarde galera, vejam se voces podem me ajudar.

Tenho uma pasta com 3.240 arquivos e precisava separar em pastas de 40 em 40 arquivos, ja procurei varios softwares na internet e nao encontrei nenhum que faça isso.

Pensei em fazer uma contagem de arquivos e fazer algum comando de criar umas pasta tipo 001 e mover 40 arquivos, zera a contagem e refaz o processo novamente.

Porem sou iniciante no PHP e nao tenho muita pratica em como fazer... Se alguem puder me ajudar!

Desde de ja agradeço a ajuda.