Not Found

Vamos la depois de muito tempo me batendo sou obrigado a pedir ajuda, estou desde sexta feira com um problema no meu servidor local.

Configs:

OS Ubuntu 14.04.3 LTS

Apache/2.4.7

PHP 5.5.9

MySQL 5.5.46

Estou utilizando virtualhost dinâmico tudo perfeitamente funcionando (projeto.dev) quando crio um projeto novo que seja coisa simples sem conexão com banco nem nada tudo funciona perfeitamente, porem todos os meus projetos trabalho com MVC e ai que ta o problema, quando crio um novo projeto com MVC tudo perfeitamente nos trinks, ele da not found erros, apache esta configura da forma certa, permissões estão todas dadas, mod_rewrite ativo mod_php5 ativo.

Alguem tem uma luz para min?

Obrigado desde já.