Alert sem parar script ou comandos da página

Boa tarde, estou com um problema, tenho uma página que ao ser carregada é exibida um alert, mas esta mesma página tem comandos em javascript que funcionan automáticos, mas os mesmos não funcionan enquando eu não der ok no alert.

Existe alguma forma de deixar esse alert apenas como mensagem, não pararndo o resto da pagina de ser carregada ou funcionar?