Problemas com Sessão e Cookies

Olá galera tudo bem? Estou com um problema, tenho um sistema de atendimento, protegido com um sistema simples de verifcação de cookies! O problema é o seguinte, eu to usando a API de notificação do HTML5 e se eu coloco um onclick para que toda vez que a pessoa clicar na notificação ela seja direcionada para a lista de atendimentos, o sistema não reconhece os cookies e não deixa a pessoa acessar a pagina, sendo que ela já esta logada e foi criado um cookie! POSTEI OS CODIGOS NAS RESPOSTAS POIS NA POSTAGEM NÃO ESTAVA APARECENDO A FERRAMENTA PARA CODIGO!