Problema de fgets na leitura de um arquivo

Eu testei aqui e só to conseguindo mostrar as duas maiores notas, só coloquei o printf dentro do if do while... Mas n to entendendo o pq dele colocar o nome errado do jeito q você fez

if (n1<n2)
 {
 n1=n2;
 nome1=nome2;
 printf("%s,%d\n",nome1,n1);
 }

EDIT
Fazendo uma gambiarra bem feia, consegui o resultado... Mas vou ficar tentando aqui pra poder te ajudar

Código:

#include <stdio.h>
#include <stdlib.h>
#include <string.h>
#define MAX 80

int comparar_notas ()
{

int n1,n2,cont=0;
 char *nome2,*nome1,*nome3;
 char buf[MAX];
 FILE *arq;

 arq = fopen("arq.txt", "r");
 if(arq == NULL)
 {
 printf("Erro ao abrir o arquivo\n");
 return;
 }
 fgets(buf, MAX, arq);
 nome1 = strtok(buf,",");
 n1 = atoi(strtok(NULL,","));

 while(!feof(arq))
 {
 fgets(buf, MAX, arq);
 nome2 = strtok(buf,",");
 n2 = atoi(strtok(NULL,","));
 if (n1<n2)
 {
 cont++;
 n1=n2;
 nome1=nome2;
 if(cont==2){
 printf("%s,%d\n",nome1,n1);}
 }
 }

 comparar_notas();
 return 0;
}

Não entedi porque você criou uma função inteira que não retorna nem um valor, então coloquei ela para o tipo void mesmo.

O problema esta resolvido ~^-^~;

Script:

#include <stdio.h>
#include <stdlib.h>
#include <string.h>
#define MAX 80

void comparar_notas ()
{

int notaCORRENTE, notaMAXIMA;
char *nomeCORRENTE;
static char buffer[MAX] = "", alunonMAXIMA[MAX] = "";

notaCORRENTE = notaMAXIMA = 0;
nomeCORRENTE = NULL;

FILE *arq = fopen("arquivo.txt", "r");
if(arq == NULL)

 printf("Erro ao abrir o arquivo\n");
 return ;
}

while(!feof(arq))
{
//Capturando linhas:

 fgets(buffer, MAX, arq);

 //Trocando ',' por zero:
 nomeCORRENTE = strtok(buffer,","); //Nesse momento a função strtok() coloca um caracter nulo no lugar da vírgula, e pega o que tem antes dele, token;
 buffer[strlen(buffer)] = '0'; //colocamos 0 no lugar deste caracter nulo para que possamos trabalhar normalmente com a função strstr() e que possamos trabahar com a conversão de tipos;

 //Capturando nota; coversão de tipos:
 notaCORRENTE = atoi(strstr(buffer,"0")); //Ira pegar o conteudo desde do zero ate '\0';

 //Capturando nome:
 nomeCORRENTE = strtok(buffer,"0"); //Como foi trocado ',' por 0 fazemos dessa forma para pegar somente o nome; -_-# ponteiros kkkk

 if (notaCORRENTE > notaMAXIMA)
 {
 notaMAXIMA = notaCORRENTE;
 memset(alunonMAXIMA,0,MAX);
 strcpy(alunonMAXIMA,nomeCORRENTE);
 }

}
fclose(arq);

printf("Aluno(a) nota maxima: %s\nNota: %i\n",alunonMAXIMA, notaMAXIMA);

}

 comparar_notas();
 return 0;
}