AutoLoad

Eu consigo imaginar algumas coisas nestes casos:

1. O arquivo Bootstrap.php esta sem namespace (não se aplica ao seu caso, já que funciona local)

2. Você esta utilizando o composer e não configurou, ou tem algo de errado na sua psr-4, ou esqueceu de dar composer dump-autoload (não se aplica ao seu caso, já que funciona local)

3. Você não esta utilizando o composer e criou um arquivo de  autoload. Neste caso pode ser um problema com o separador de diretorio, que você não esta tratando, então de um replace trocando \\ por /

function __autoload($class)
{
    $class = str_replace('\\', DIRECTORY_SEPARATOR, $class);   / Inclua isso caso já não tenha /

    require_once __DIR__ . DIRECTORY_SEPARATOR . $class . '.php';
}
spl_autoload_register('__autoload');

4. desenvolveu o sistema no Windows e no Linux é diferente o sistema de arquivo

5. Estava rodando o sistema numa pasta www/meusistema, já na produção está direto no www/

resolvi alguns minutos depois, desenvolvi em windows ¬¬, e o servidor era linux, apenas problema de case sensitive