Salvar Campo binario ou Hexa como arquivo

ler o arquivo em bytes e transformar em String para depois manipular melhor e depois criar o novo arquivo, mas cuidado, pois alguns arquivos  bytes quando transformados em String, viram caracteres desconhecidos, uma forma que deu certo, lendo de byte a byte e escrevendo byte a byte, mas quando encontro o byte 36 (referente ao $) fazemos uma lógica para verificar se é um trecho String e o qual procuramos para aí sim manipularmos esse trecho onde sabemos que não há problemas em se substituir para String e retornar para byte.

Tem essa função em .Net

public static void generatePatch(String fileOrigin, String fileName, String version, String versionDate, String user){ try{ BufferedInputStream in = new BufferedInputStream(new FileInputStream(new File(fileOrigin))); ByteArrayOutputStream baos = new ByteArrayOutputStream(); int x; while((x = in.read()) != -1) baos.write(x); in.close(); String fileContent = new String(baos.toByteArray()); if (fileContent.indexOf("$Header: %f% %v% %d% %u% ship $") == -1) System.out.println("Arquivo fora de padrão."); else{ fileContent = fileContent.replace("%f%",fileName); fileContent = fileContent.replace("%v%",version); fileContent = fileContent.replace("%d%",versionDate); fileContent = fileContent.replace("%u%",user); BufferedOutputStream out = new BufferedOutputStream(new FileOutputStream(new File(fileOrigin))); out.write(fileContent.getBytes()); out.flush(); out.close(); System.out.println("Patch "+fileOrigin+" gerado com sucesso."); } }catch(FileNotFoundException fnfe){ System.out.println("Erro: O arquivo "+fileOrigin+" não foi localizado."); }catch(IOException ioe){ System.out.println("Erro: Falhou ao ler/gravar arquivo."); }catch(Exception e){ System.out.println("Erro desconhecido: "+e); } }