Padrão de desenvolvimento

olá pessoal, estou com uma duvida sobre a melhor maneira de se popular um DAO, utilizo padrões de projeto nas classes para regras e afins,

mas tenho uma curiosidade sobre o MVC e como utilizar a persistencia, se seria melhor usar no Controller como save ou teria um padrão melhor para ser usado.

ex.:

controller.php

class IndexController
{

	public function indexAction ()
 {
 try{
 $usuario = new usuario();
 if($usuario->has($nome)){
 $usuario->setNome($nome)
 ->setEndereco($endereco)
 ->save();
 }else{
 ...
 }
 }catch(...){
 ...
 }
	}
}