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Talvez não dê pra fazer, pois já procurei em vários lugares e não consegui encontrar, mas:
Eu tenho uma variável $erro em PHP que serve pra validar erros de Login em um determinado sistema, essa variável recebe erro = 1 caso o login e a senha estejam errados e apresenta uma mensagem no formulario de login. Recebe erro = 2 caso o usuário tente acessar a página home.php sem estar com a sessão iniciada.
No script tem o tratamento de não preenchimento do campo, mas se eu entro no erro 2, a mensagem fica lá, mesmo após eu estar tentando logar. Ele apresenta o erro de campo não preenchido mas a mensagem não some. Eu gostaria de saber se eu consigo, através do JS, tirar o valor dessa variável ou fazer com que o form não mostre mais essa mensagem quando entrar na condição de um dos campos não preenchido.
Não sei se expliquei bem mas.. Segue uma imagem da mensagem, em vermelho, que quero retirar caso entre nas condicionais de campos vazios.
PS: O campo fica em vermelho caso não seja preenchido. A parte da mensagem sem sessão iniciada é feita em PHP.

JavaScript não conversa com PHP e o PHP só recebe informações através de uma requisição (request).
O que você pode fazer é usar o javascript para alterar o HTML (removendo as mensagens) ou, acredito que não é caso por causa da sua explicação, utilizar AJAX (via javascript) para realizar uma nova requisição que altere a variável que você necessita.