Migrar dados de um banco antigo para um novo modificado

Pessoal, estou refazendo um banco de dados e alterando nomes em tabelas e acrescentando tabelas.  Acontece que quando vou dar um join  no novo banco ele não funciona. Dá esta mensagem: "A seleção atual não contém uma coluna exclusiva". Se eu excluir a coluna id e colocar uma nova até funciona, mas aí perde toda a relação entre as tabelas, pois eu tenho que continuar com os relacionamentos entre o id anterior do usuário na tabela usuário e o id_usuario na tabela destaque (por exemplo). São várias tabelas relacionadas.   Eu copiei do banco anterior a estrutura do banco e fiz um select e insert para passar os dados das tabelas do bd anterior para o bd atual. Há outra maneira de fazer isso sem perder a indexação?