Problemas com a função include

O meu site tem dois menus eu coloquei 2 includes, o primeiro que era o include do menu lateral ficou perfeito, mas o outro que é o include do topo, onde tem o menu superior e o logo da empresa deu conflito danado, a tabelas central parou de aparecer o o css nao tem mais função as fontes se revoltaram contra mim, tudo ficou com times new roman e com os tamanhos mais absurdos.... alguem sabe o que aconteceu ? obrigado.....