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Muita gente pensa que Docker é só pra server, mas e pra aplicativos que rodam no desktop do usuário? Já tentei imaginar usar containers pra isolar uma app desktop, mas aí bate aquela dúvida: dá pra rodar várias coisas ao mesmo tempo no mesmo container sem virar uma salada?
No meu time, tentamos usar containers pra isolar o ambiente de apps legacy, mas sempre com cuidado na gestão de recursos. Pra desktop, a questtão do consumo de memória e CPU pesa bastante. Acho que o ideal é testar bem antes de adotar em produção.
Olha, na minha experiência, usar um container pra cada app é mais seguro e evita conflitos. Mas sei que tem gente que faz container com vários processos, só que aí complicar a manutenção e o rollback. No seu caso, acho que vale testar, mas cuidado com o impacto na performance.
Concordo com o Fabio. Pra desktop, o risco de conflito de dependências é alto. Acho que a melhor prática ainda é uma app por container, aí facilita o gerenciamento.