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No meu caso, o mais efetivo foi criar um arquivo de configuração do pm2 onde defino as variáveis de ambiente explicitamente. Assim, a aplicação não fica dependente do arquivo.env na hora do deploy.
Já passei por algo parecido. No papel nodejs parecia simples. na prática pesou em ownership.
Esse problema é clássico. Geralmente o pm2 não carrega as variáveis do arquivo.env automaticamente. No meu time, a gente costuma passar as variáveis via CLI ou usar um arquivo de configuração no pm2 mesmo. Alguém já conseguiu uma solução mais limpa pra isso? hum
A minha dúvida é se essa abordagem de configurar as variáveis no pm2 não acaba dificultando a manutenção, principalmente em ambientes com muitas variáveis. Alguém faz algo diferente pra evitar esse problema?
Já passei por isso. O que ajuda bastante é cuidar para que o pm2 esteja iniciando com o ambiente carregado, usando o comando
pm2 start env arquivo.env.