Acentos, cedilhas, tils e caracteres especiais

Tenho uma dúvida. Eu sei que determinados browser podem não reconhecer acentos e coisas do tipo, daí a necessidade de se usar á , por exemplo, a se fazer um á . Minha dúvida é se esse problema de não reconhecimento de acentos pode acontecer também dentro de um alert ou confirm JavaScript por exemplo. Se eu tento usar essa codificação de acentos e outros caracteres dentro do alert não funciona. Gostaria de saber então, se eu deixar um acento dentro, pode não funcionar corretamente em outros browsers ou isso tem a ver com o Sistema Operacional?