Jogar transparencia em menu JS

Pessoal, tenho aqui um menu funcionando belezera.Agora eu keria saber como eu posso colocar a transparencia nesse menu!Eu tenho um código aqui filter:alpha(opacity=50); -moz-opacity:0.5"só que esse código só vai na tabela, e o meu menu está em JS.tem algum código que jogue a trasnparencia nesse meu menu inteiro!?Obrigado...