Abrir pop-up e fechar janela principal sem confirmação. Tem como?

Olá pessoal,

tenho na minha aplicação a opção de logout. Quando o usuário clica no link uso o confirm do javascript. Quando ela cancela, não faço nada. Quando ele confirmar, gostaria de abrir uma pop-up (que vai conter uma mensagem) e fechar a aplicação na janela principal sem que seja necessária uma confirmação.

Alguém sabe como fazer exatamente assim?

Abraços!