Atualizar pagina principal por um popup

Eu nunca achei algo sobre o assunto mas vou postar quem sabe alguem tem alguma ideía ou sugestão.Por exemplo: Eu tenho um projeto em ajax dividido em duas divs, a da esquerda roda um menu, a da direita a navegação e a da direita tambem tem links para layers para entrada de dados que ao finalizar, atualizam automaticamente a pagina que a chamou. So que esse processo de layers têm o inconveniente que ficarem travados e caso estejam sobre alguma informação que o usuario precise no momento, não há como ele arrastar o layer. Eu consegui um codigo para mover o layer mas sinceramente não gostei do resultado, pois basta clicar num combo e qulquer movimento lateral do mouse, o layer se move ou seja não é a maneira mais prática. Então eu pensei em usar uma popup em vez do layer mas ai lembrei que uma popup passa a ser um outro domento e portanto como eu poderia acessar as rotinas do js que está na pagina principal para atualização das divs, acesso aos arquivos etc.A meu ver se eu carregar os JS na pop seria uma outra seção de JS e portanto ele não conseguiria acessar as divs da pagina principal.Minha pergunta é:Haveria algum comando para que acessar a seção de Js aberta para o site principal a partir do popup, tipo: parent.js, top_js, sei la?