Migração de dados de ACCESS para MySQL

Olá galera, estou com uma dúvida, tenho um banco de dados MySQL onde tenho algumas tabelas, diariamente recebo arquivos MDB com informações a serem incluidos (importados) para estas tabelas, atualmente temos um script que le este MDB e verifica se a informação não existe na tabela do MySQL, caso nao existe ele trasnfere, porém quando existe muita informação (digamos 50.000 registros) demora muito ou nem executa, gostaria de saber se alguém conhece alguma forma de fazer isto sem precisar ficar executando scripts, não sei alguma forma de importar registros sem perder os atuais apenas aumentar.Se alguém puder ajudar,Xavier