Programa não funciona no server 2003

Olá...Estou com problemas com um cliente que tem em seu micro instalado o windows server 2003, mas não consegue abrir seu programa contabil, que é daqueles antigos, mas muito util pra eles, e é em DOS...o problema é que o programa não carrega, a impressão que se tem é que ele abre uma tela inicial mas fecha automaticamente depois...e nenhum outro sistema que ele tem e que é em DOS também funciona...o Windows server 2003 tem algum problema com estas bases de softawes em DOS?? A maneira que fizemos para tentar resolver o problema dele foi o de particionar o HD em 2, e na outra partição instalar apenas o boot do win 98, assim ele entra por esta partição na inicialização e trabalha com o sistema normalmente...mas se precisar usar excel, messenger, ou qualquer outra coisa, ele precisa sair, e entrar denovo pelo windows 2003...o que dá um certo transtorno e não é pratico, mas foi a maneira que encontramos para resolver o problema de imediato...se alguém souber de alguma coisa com relação a isso, me avise por favor...Babi