Proteção arquivos ou diretorio

Ola pessoal,

estou montando um sistema para um grupo de professores para arquivar artigos tecnicos na internet, onde somente usuarios cadastrados poderiam ter acesso à esses artigos. Porem, ao criar um diretorio para esses artigos fica facil alguem acessa-los pelo endereço e baixa-los.

gostaria de saber o que posso fazer para impedir isso, queria algo q não fosse o .htpasswd e .htaccess por motivos que eu desconheço.