Diferença entre relacionamentos - Me expliquem

Olá galera,, tenho uma duvida, qual é a diferença entre fazer relacionamentos de tabelas com chaves estrangeiras ou usando o proprio select utilizando o JOIN.

Tenho essa duvida boba, mais que tem me deixado com duvida...

outra coisa, como eu sei se um relacionamento usando chaves estrangeiras esta funcionando?

Valeu galera