Problemas com Resolucao de janela POP UP

Ola amigos,

estou desenvolvendo um sistema em pHp e estou usando bastante javascript pra controlar janelas... estou com um duvida... minha resolucao é maior que 1024... quando modelo as janelas... fica legal pra mim... mas pra quem usa 1024... fica deformada... falta um pedaco da base da janela...

estou improvisando e usando uma regulagem manual até achar uma solucao pra isso...

alguem sabe o que posso fazer pra adaptar a janela ao navegador do cliente?

Valeu galera

Paulo