Quem é o maior número. Problemas na validação do maior

Pessoal,

Tenho a seguinte situação, um usuário informa 2 valores em suas respectivas input´s, preciso comprarar se 1 valor é maior q outro.... se o usuário digitar os seguintes valores a validação não funciona....

Exemplo:

Valor a: 999,99999999
Valor b: 1.000.000,00000000

a Lógica

 if (a.value > b.value)
 {
 .......
 }no exemplo acima ele está entrando dentro do IF, mas não deveria pois a é < b ... alguém sabe me informar o por que disso ??  

Ele está se perdendo na formatação ????

Obrigado