Upload de arquivo TXT e leitura dos dados

Olá pessoal, estou com um problemão aqui, estou montando um sistema para um cliente onde no mesmo a pessoa pode enviar arquivos txt de até 5MB contendo emails por linha, cada linha um e-mail, ai o que eu faço, faço o upload para uma pasta do usuário, feito o upload abro o arquivo e vou verificando se o e-mail já esta cadastrado na base de e-mails da pessoa, caso não esteja eu incluo para evitar duplicidade, tudo estava funcionando muito bem quanto usava MySQL, agora que estou usando SQL SERVER começamos a ter problemas de Timeout.

Pensando nisto, o que eu montei, ao invés de fazer tudo numa página só, fiz uma nova versão onde o upload do arquivo é feito na primeira etapa, pego e armazeno o nome do arquivo numa session e ai dou um redirect que vai lendo de 100 em 100 linhas do e-mail e batendo no banco para verificar se existe ou não. Porém mesmo assim esta dando timeout.

Alguém sabe uma forma de fazer isto sem ter problemas ? Nunca cheguei a fazer isto mas estava pensando em ao fazer o upload do arquivo não mandar ele para o disco e sim para o banco, já vi isto em alguns fóruns como aqui também, agora não sei se é aconselhavel ou se realmente existe isto ou se entendi errado.

Até mais,

Xavier