Backups/Patches de sites feitos em Joomla

Pessoal,

Imagine o cenário onde eu tenha 3 sites feitos para 3 clientes diferentes. Se o cliente A pedir para eu alterar algo, eu posso pegar os arquivos das hospedagem dele e gerar um dump do mysql dele, desenvolver tudo localmente e quando tiver terminado, qual a melhor maneira de atualizar o site dele?

Não posso simplesmente substituir os arquivos e banco de dados dele pelos que eu desenvolvi localmente, porque neste meio tempo várias pessoas podem ter ido no site e feito algum comentário ou algo do tipo, e essa atualização iria destruir tudo.

Como vocês fazem? Colocam o site do cliente no modo "Em Construção" e só liberam quando tiver pronto? E se for um e-commerce, cada dia parado vai ser prejuízo.

Preciso de sugestões! Muito obrigado.