Problema com Doctype no IE

Estou com um problema com a declaração do Doctype dos sites, é o seguinte:

Fiz um script que renderiza um certo código html na página daqueles que usarem o script, tenho vários sites parceiros que usam e, por isso, as vezes o html e o css da página do cara influenciam no código que meu script renderiza.

Consegui fazer uma boa blindagem para que houvesse o mínimo possível de interferência, o problema é quando o site está declarando um Doctype de HTML 4.

Meu código é válido e está nos novos padrões web, mas no IE o doctype antigo acaba influenciando e atrapalhando. Nos navegadores decentes, isso não ocorre.

Tem alguma coisa que posso fazer para isso não acontecer? Lembrando que não posso mexer no código dos sites parceiros.

Obrigado