Como inserir 160 mil registros sem perder a conexão

Como posso inserir 160 mil registros sem dar o erro 2006 ?

Eu não tenho permissões para mexer nas configurações do mysql. O mysql quando insere a linha 1002 me responde com erro. Com certeza é por causa do limite de memória usada pela query. Eu até pensei em fazer um script que insira 1000 registros, dê um close na conexão, abra novamente e insira mais 1000 registros.

Só o que eu quero saber é se alguem tem uma ideia melhor antes que eu faça esse script.

Abraços Walker