Melhor localização para pasta de uploads

Galera, uma mãozinha aqui, por favor.

No site que estou desenvolvendo, o usuário poderá fazer upload de alguns arquivos. Onde é preferível guardá-los? Em uma pasta que eu crie no mesmo local onde ficará o site, ou uma pasta dentro do projeto mesmo? Qual maneira é mais seguro? Como faço para que os arquivos sejam acessíveis somente através do site, apenas nas páginas que eles devem ser exibidos e não seja possível ver o conteúdo desta pasta pelo navegador? Se a pasta for criada dentro do projeto, como fazer para que ela não sobreponha a antiga a cada vez que eu for upar uma nova versão do site?

Mais uma coisa: como faço para ter certeza que um arquivo tem realmente a extensão que ele diz ter? Por exemplo, como sei que um arquivo enviado por um usuário é realmente um jpg, não um mp3?