Links Internos Devo colocar a página index em todos eles?

Estou passando por problemas.

Antes não usava URL amigaveis, porem meu site tinha poucos links.

Agora que todo link praticamente virou uma URL e seu conteúdo também, ex. ( www.site.com/produto/radio ); ( www.site.com/produto/relogio ), ( www.site.com/produto/cama ) etc.

Meu site ficou com mais de 3000 URLs e verificando no Google Sitemaps, cada vez que o Google indexa mais conteudo do meu site ele vai caindo nas buscas e da primeira página agora está na terceira e isso é péssimo para o site.

Minha dúvida é a seguinte.

Em todas as URLs tem um link para a página Inicial ( index ) será que isso esta fazendo cair meu ranking? Devo colocar nos links rel nofollow?? Ou é normal isso, com o tempo ele volta a subir nas buscas??