[Resolvido] Dica de como implementar segurança as páginas

eai galera, estou precisando de uma ajuda de vocês

trabalho com o seguinte sistema de páginas em php

na parte central do meu site, aonde fica o conteúdo vai

<?php
	$pathpage = (empty($_GET['S'])) ? '' : preg_replace("/[^0-9a-z]/i", '', $_GET['S']) . '.php';
	if(is_file($pathpage)){

	include($pathpage);

	} else {
	echo "<META HTTP-EQUIV=REFRESH CONTENT='0; URL=?S=home'>";

	}
 ?>

ai para mudar o conteudo eu chamo os links,

<a href="?S=login">Login</a>
<a href="?S=home">Home</a>
<a href="?S=contato">Contato</a>

minha dúvida é a seguinte, como aplicar um sistema de páginas seguras( login e senha), nesse meu sistema se todas páginas trabalham em cima da index.php

ja tentei aplicar aqui, mas não tive sucesso, ou dava erro de header already sent, ou não acessava as páginas porque ele setava o cookie antes de iniciar a página.

fico no aguardo de alguma dica, obrigado