Criar diretórios virtuais com um instalador externo

Gostaria de saber se tem como eu criar diretórios virtuais a partir de um instalador externo. Eu uso o wise installbuilder para gerar o instalador de uma aplicação em 2 camadas. A parte cliente é instalada num diretório escolhido pelo usuário e a parte do servidor vai o iis. Daí quero criar um diretório virtual para apontar para esta pasta, porém não gostaria de fazer isso manualmente. Gostaria de incluir o diretório diretamente pelo instalador wise.

Tem como gerar um arquivo MSI para o diretório virtual, pois o wise faz chamadas a instaladores deste tipo.