Juntar 2 bases de dados em uma

Bom dia Pessoal,

Sou responsável por um sistema corporativo onde existe o gerenciamento de alunos, professores, etc...

Só que no inicio do ano foi necessário dividir o banco em duas partes (a empresa foi dividida) assim as filiais tambem tiveram que ser divididas.

Com isso tive que criar uma outra base idêntica a outra. Com informações diferentes.

Isso gerou problemas que ja foram sanados, só que resolveram nesse mês cancelar essa divisão, e falaram que o banco teria que ser um só novamente, ou seja, unir os dois bancos em um só.

O problema é que, por as tabelas possuírem ID com incrementação automática (identity) e quando dividimos não apagamos os dados de outras filiais ficando duplicadas nos dois bancos, ficaram informações diferentes com IDs iguais.

exemplo:

Base 1
|Tabela Aluno |
|_______________|
|ID | NOME |
|___|___________|
|01 | Joao |
|02 | Pedro |
|03 | Maria |
|04 | Lucia |
|05 | Ricardo |
|06 | Natalia |
|___|___________|

|Tabela Turma
|___________________________|
|ID | TURMA |Periodo |
|___|______________|________|
|01 | Ensino Médio | 1 |
|02 | Ensino Médio | 2 |
|03 | Ensino Médio | 3 |
|___|______________|________|

|Tabela Matricula
|_________________________|
|ID | ID_ALUNO | ID_TURMA |
|___|__________|__________|
|01 | 1 | 2 |
|02 | 4 | 2 |
|03 | 2 | 3 |
|___|__________|__________|

Base 2 (duplicada)

|Tabela Aluno |
|_______________|
|ID | NOME |
|___|___________|
|01 | Joao |
|02 | Pedro |
|03 | Maria |
|04 | Leonardo |
|05 | Marta |
|06 | Diego |
|___|___________|

|Tabela Turma |
|____________________________|
|ID | TURMA |Periodo |
|___|_______________|________|
|01 | Ensino Médio | 1 |
|02 | Ensino Médio | 2 |
|03 | Ensino Tecnico| 1 |
|___|_______________|________|

|Tabela Matricula |
|_________________________|
|ID | ID_ALUNO | ID_TURMA |
|___|__________|__________|
|01 | 1 | 2 |
|02 | 6 | 2 |
|03 | 3 | 3 |
|___|__________|__________|

Assim se eu usar a intrução

INSERT INTO Aluno (campos)
VALUES (SELECT * FROM Base2.dbo.Aluno)

Creio que não vai funcionar por causa dos IDs duplicados.

Alguém tem alguma idéia de como posso resolver, ou já passou por isso?

Existe uma forma de fazer isso só pelo sql sem usar o PHP ou ASP?

Agradeço a ajuda.