Include em PHP ou iframe, qual é a minha solução segura?

Olá! Vou ser meio breve. Estou com um grande projeto, onde estaremos atualizando o site manualmente, por decisões próprias. Mas em questão, nescessito de que o topo, lateral, e outras áreas estejam em uma única página, como um iframe ou include. Eu queria saber se existe uma solução sem ser iframe, que faça o meu link "http://www.site.com/artigos/call-of-duty.php" continuem exatamente como são. Pois eu utilizava um include que formatava o link do site pra algo como "http://www.site.com/pagina?php=artigo/call-of-duty.php". Se não me engano, era algo do tipo.

Qual seria a solução mais segura e fácil para o projeto? aqui vai algumas idéias de divisão da página, divididas em espaços coloridos:

/applications/core/interface/imageproxy/imageproxy.php?img=http://www.epicplay.com.br/demo1.jpg&key=b14af1e6804276c6cbf2ec1d798cce7503223c60df1f8762aa2babe9beb7199f" alt="demo1.jpg" />

/applications/core/interface/imageproxy/imageproxy.php?img=http://www.epicplay.com.br/demo2.jpg&key=03a068c3b74975f8a5286fa585249fcc26f8e03b03ebfedb54e4f80ac8fe9074" alt="demo2.jpg" />