Estrutura dos diretórios da app

Qual a forma mais indicada para montar a árvore de diretórios??

App/(contendo as pastas Funcitons, Javascript, Includes e Connections) + páginas da aplicação

CSS

Imagens

Ou então..

App (contendo apenas as páginas da aplicação)

Funcitons

Javascript

Includes (cabeçalho, rodapé, por exemplo)

Connections

CSS

Imagens

Obrigado.