Estrutura de um site

Pessoal, precisa saber como é estruturado um site, explico melhor...

O site tem a "index.php", quando clico no menu "produtos", por exemplo, geralmente o pessoal estrutura as página de que forma? O link pode levar direto para a página para listar produtos, pode chamar a index passando um parâmetro 'produtos' ou pode levar a uma pasta 'produtos' e lá ter uma index que liste os produtos...

Geralmente eu uso levando pra index e passando um parâmetro que identifica a página, depois eu faço um '<?php include('pagina.php') ?>', isso para preservar o que já foi feito, ou seja, topo, menu, laterais, rodapé...

Como vocês geralmente desenvolvem isso?

valeu...