[Resolvido] MySQL dá conta de 37000000000 de consultas?

Olá pessoal tudo bem? Bom sou programador a 4 anos e sempre utilizei PHP+MySQL para aplicações simples, acabei largando o JAVA+Oracle. Bem hoje trabalho numa empresa de contabilidade e tenho uma empresa para processar 1 milhão registros que precisam ser consultados 37 mil vezes, esta consulta está demorando muito e o relatório leva horas para ser exibido na tela. Criei índices a partir da cláusula WHERE, mesmo assim a demora continua, tentei liberar memória no apache para o servidor PHP trabalhar mais rápido e alterei o my.sql para altas quantidades de memórias e principalmente buffer, o problema é: Será que ele está usando mesmo tudo o que a máquina suporta? Bom se alguém puder me ajudar galera fico grato. Alguma sugestão de BD? E aquela Storage Engine, li sobre mas acho que a melhor pra mim é a InnoBD concordam? Agradeço galera.