Como configurar os serviços básicos de um servidor web

Contratei um servidor cloud em um data-center confiável e me foi entregue com o ubuntu server 12.04 LTS "secão"... só o sistema e o acesso SSH.

Instalar os serviços pra hospedar um site é tranquilo, preciso de umas dicas pra ir além de simplesmente colocar os arquivos:

1- O servidor já está com 2 IPs fixos pra configurar DNS e preciso fazer a configuração no Registro.br

O que preciso instalar e configurar nesse ponto para dar certo?

2- O que precisa ser configurado para garantir uma segurança no acesso ao servidor?

Acessos permitidos: FTP, SSH, MySQL e HTTP somente.

Eu já consegui rodar normalmente no servidor, porém configurando um apontamento DNS de um subdominio de um site pra esse servidor, porém quero que todo o dominio esteja presente nele.