MySql consumindo muita CPU

Olá,

Possuo alugado um servidor dedicado com 4 cores 1.6Ghz, 16Gb de RAM, 500GB HD e link de dicado de 100Mb. Nesse servidor tenho apenas um sistema em php em funcionamento, ultimamente mesmo que não haja nenhum internauta navegando o MySql está consumindo demasiadamente a CPU, já revirei na net sobre esse assunto e as dicas são sempre as mesmas, configurei o my.cnf, criei indices no banco de dados, mas até agora nada... Segue o arquivo de configuração my.cnf

[mysqld]

key_buffer=312M

join_buffer=16M

max_join_size=16M

thread_concurrency=4

table_cache=2048M

open_files_limit=2000

query_cache_limit=128M

query_cache_type=2

query_cache_size=128M

long_query_time=10

slow_query_log=1

key_buffer_size=256M

slow_query_log_file="/var/log/mysql-slow.log"

max_allowed_packet=256M

sort_buffer_size=256M

max_connections=500

thread_cache_size=24

read_buffer_size=8M

read_rnd_buffer_size=64M

myisam_sort_buffer_size=256M

innodb_flush_log_at_trx_commit=2

innodb_buffer_pool_size=256M

innodb_additional_mem_pool_size=60M

wait_timeout=15

thread_cache=32

max_connections=1000

Essa é a situação atual do servidor com 20 pessoas acessando o site:

Cpu(s): 29.2%us, 3.8%sy, 0.0%ni, 66.4%id, 0.5%wa, 0.0%hi, 0.1%si, 0.0%st

Mem: 16608840k total, 4851588k used, 11757252k free, 255292k buffers

Swap: 5636088k total, 0k used, 5636088k free, 4089260k cached

PID USER PR NI VIRT RES SHR S %CPU %MEM TIME+ COMMAND

27451 mysql 15 0 794m 186m 6884 S 170.7 1.2 247:29.16 mysqld

20818 nobody 15 0 9852 3184 1516 S 0.7 0.0 0:00.06 httpd

22047 nobody 15 0 9852 3184 1516 S 0.7 0.0 0:00.06 httpd

7051 nobody 15 0 9852 3212 1528 S 0.3 0.0 0:00.15 httpd

19447 nobody 15 0 9852 3184 1516 S 0.3 0.0 0:00.07 httpd

20573 nobody 15 0 9852 3204 1536 S 0.3 0.0 0:00.06 httpd

20978 nobody 15 0 9852 3176 1512 S 0.3 0.0 0:00.06 httpd

22045 nobody 15 0 9852 3184 1516 S 0.3 0.0 0:00.05 httpd

Peço a ajuda de todos.