Desenvolver para empresa mas comercializar o programa

Boa noite!

Estou fechando com uma empresa para trabalhar 50% de suporte técnico (Manutenção) e 50% do meu tempo desenvolver um sistema próprio para a mesma, o qual pretendo comercializar o sistema futuramente. Pois bem qual seria o vinculo com a mesma?

Pois a empresa está insegura no quesito de contratação. Poderia ser contratado como CLT com um contrato com liberação de uso do sistema após desenvolvimento e depois mudar paa PJ?