Melhor estrutura de sistema em php

Boa tarde, recentemente fui contratado para o desenvolvimento de um sistema do zero, um cms para ser mais específico. Este sistema deve ser em mvc, orientado a objeto e semelhante ao wordpress (com pasta de temas e plugin independentes).

Devido a isso comecei a ler código fonte do wordpress, e outros scripts como elgg por exemplo; durante as minhas "leituras" observei que esses sistemas carregavam o script através de uma série de includes e requires, carregavam constantes primeiro, depois algumas classes, depois outras e lá no final depois de todo o sistema carregado aí chamavam os arquivos de view.

A minha dúvida é qual a maneira "mais indicada" para o desenvolvimento de um sistema em php? Nós precisamos necessariamente encher o script de funções e diversos arquivos incluidos sempre que o sistema for carregado; ou podemos simplesmente só fazer um auto_load de classes principais e funções diretamente no script que for chamado?