Mensagem de confirmação(excluir)

Gente é o seguinte gostaria de saber como vocês fazem a mensagem de confirmação para realizar uma ação como por exemplo excluir algo.

Com javasScript da para lançar aqueles aletras, como a abaixo

<script>
alert("Mensagem aqui");
</script>

Só que eu preciso tratar a mensagem de confirmação para saber se o cara confirmou ou cancelou.

Pensei também em abrir algo meio que como pop-up, só que a pessoa poderia minimizar a mensagem e preciso fazer com que ela só possa cancelar ou confirmar( ou até fechar pq ainda eu colocaria como cancelar). Mas o fato da pessoa poder minimizar me fez não usar o lance do pop-up.

Como to na dúvida gostaria apenas de saber como vocês fazem, usam javaScript para isso ou só html mesmo?

PS: Não quero código só a ideia mesmo.