Fazer update constantemente para quase 1 milhão de registro

Olá estou com um problema, preciso alterar registro de uma tabela com quase 1 milhão de ceps.

a situação das tabelas é o seguintes

Cada estado tem uma quantidade de cidade com uma quantidade de ceps, abaixo eu fiz um pouco dos codigo e estou enviando para vcs.

Obs: existem duas tabelas, uma tabela é para identificar o nome da cidade e estado e é a tabela isc_shipping_zones , a tabela isc_shipping_zone_locations é aonde esta todos ceps.

//**** Identificar qual é o estado.
$estado;

//**** Identificar todas as cidades.

$sql= "SELECT * FROM isc_shipping_zones WHERE estado='$estado' ";
$qry = mysql_query($sql);

while( $cidades = mysql_fetch_array($qry)){

 $city = $cidades["zonename"]."<br/>";
 $zoneid = $cidades["zoneid"];

//**** Identificar todos os ceps.

$sqlcep= "SELECT * FROM isc_shipping_zone_locations WHERE zoneid = '$zoneid' ";
$qrycep = mysql_query($sqlcep);

while( $cidadescep = mysql_fetch_array($qrycep)){ $cep = $cidadescep["locationvalue"]."<br/>";

}//**** finalizando consulta de CEPS
}//**** Finalizando consulta de cidades

//**** Verificar se upper_0 existe e fazer update
//**** Se upper_0 não existe criar um valor do update.

agraeço a ajuda